Sau vụ thảm sát này, nhiều dân thường chế nhạo và xúc phạm nhà vua với các biểu ngữ được viết bằng Hangul. Điều này càng làm cho Yên Sơn Quân tức giận hơn. Ông cấm sử dụng Hangul, đóng cửa Thành Quân Quán (성균관, 成均館, Seonggungwan) - trường đại học quốc gia. Ông còn ra lệnh người dân trên toàn bán đảo Triều Tiên phải tiến cống các cô gái trẻ và ngựa để phục vụ cho nhu cầu giải trí của mình. Nhiều người sợ cách cai trị chuyên chế của Yên Sơn Quân, tương phản hoàn toàn với sự tự do của thời đại vua cha Thành Tông.

Năm 1506, một nhóm các quan đại thần, dẫn đầu là Phác Nguyên Tông (朴元宗), Thành Hi Nhan (成希颜), Liễu Thuận Đinh (柳顺汀) và sự hậu thuẫn của Từ Thuận Đại phi đã vạch ra âm mưu chống lại Yên Sơn Quân. Ngày 2 tháng 9 năm đó, họ tiến hành cuộc binh biến phế truất ông và lập Tấn Thành Đại quân, người em cùng cha khác mẹ của Yên Sơn Quân lên ngôi vua, tức Triều Tiên Trung Tông. Sự kiện này được gọi là Trung Tông phản chính (중종반정; 中宗反正).

Ông bị giáng xuống làm Vương tử và bị lưu đày ở Giang Hoa đảo. Ông qua đời vào ngày 20 tháng 11 cùng năm đó mà không có miếu hiệu và thụy hiệu.